Родум Египќанец и во младоста незнабожец. Како војник учествуваше во борбата на царот Константин против Максенциј. Потоа, дознавајќи од христијаните за единиот Бог и гледајќи го нивниот благочестив живот, Пахомиј се крсти и отиде во Тиваидската пустина, кај прочуениот подвижник Паламон, кај кого десет години се учеше на подвижнички живот.
Тогаш, на местото наречено Тавенисиот, му се јави Ангел Божји во облека на схимник и му даде штичка на којашто беше напишан уставот на општежителниот манастир, заповедајќи му таков манастир да устрои на тоа место и прорекувајќи му дека во тој манастир ќе притекнат мнозина калуѓери заради спасение на душите. Пахомиј го послуша Ангелот, почна да подига многубројни келии, иако таму немаше никој освен него и брат му Јован. Кога брат му го укори зошто гради толку непотребни градби, Пахомиј просто одговори дека тој ја следи Божјата заповед, без оглед кој и кога ќе дојде да живее тука. Наскоро, поттикнати од Духот Божји, на тоа место дојдоа многу луѓе и почнаа да се подвизуваат според типикот на Пахомиј, добиен од Ангел. А кога се зголеми бројот на монасите, Пахомиј постепено подигна уште шест манастири. Бројот на неговите ученици изнесуваше до седум илјади.
Свети Антониј се смета за основач на отшелничкиот (пустински) живот, а свети Пахомиј на манастирското општежитие. Смирението, трудољубивоста и воздржанието на овој свет отец беа и останаа редок пример за подражавање пред огромен број монаси. Свети Пахомиј изврши безбројни чуда, но и безброј искушенија претрпе од демоните и од луѓето. На луѓето им послужи како роден татко или брат. И мнозина ги побуди да појдат по патот на спасението. И мнозина управи на патот на вистината. Беше и остана голема светилка на Црквата и голем сведок на Христовата правда и вистина.
Се упокои мирно во 348 година, во седумдесет и четвртата година од својот земен живот. Многумина од неговите ученици, Црквата ги вброја во редот на светителите, како на пример: Теодор, Јов, Пафнутиј, Пекузиј, Атинодор, Епоних, Сур, Псој, Дионисиј, Псентаисиј и други.
